Przy podejrzeniu KZM rekomenduje się oznaczanie swoistych przeciwciał w surowicy, badanie płynu mózgowo-rdzeniowego (PMR) oraz, jako słabsze zalecenia, diagnostykę PCR oraz badanie RM mózgu i rdzenia kręgowego. Zalecane postępowanie z chorym to przyjęcie na oddział intensywnej terapii, z monitorowaniem ciśnienia wewnątrzczaszkowego i ciśnienia perfuzji oraz temperatury, a także ciągłym elektroencefalogramem. Leczenie przeciwwirusowe raczej nie jest zalecane, podobnie jak leki immunomodulujące. Wytyczne wypowiadają się także za lub przeciw określonymi formami leczenia objawowego. W celu profilaktyki KZM autorzy zalecają szczepienie dzieci powyżej 1. roku życia w regionach endemicznych oraz osób o wysokiej ekspozycji związanej z wykonywaną pracą lub podróżujących do regionów o wysokim ryzyku zakażenia.
Opublikowane wytyczne to pierwsze oficjalne zalecenia dla kleszczowego zapalenia mózgu i są odpowiedzią na rosnącą niestety zapadalność na tę chorobę, zwłaszcza w naszym rejonie Europy.